Notes

1. DNA adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel.

RNA adalah satu dari tiga makromolekul utama (bersama dengan DNA dan protein) yang berperan penting dalam segala bentuk kehidupan.

GEN adalah unit pewarisan sifat bagi organisme hidup. Bentuk fisiknya adalah urutan DNA yang menyandi suatu protein, polipeptida, atau seuntai RNA yang memiliki fungsi bagi organisme yang memilikinya.

PROTEIN adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida.

2. Struktur asam amino secara umum adalah satu atom C yang mengikat empat gugus: gugus amina (NH2), gugus karboksil (COOH), atom hidrogen (H), dan satu gugus sisa (R, dari residue).

Struktur molekul polipeptida http://sciencebiotech.net/wp-content/uploads/2010/09/Polypeptide-chain-ncbi.jpg

Struktur molekul protein http://prntscr.com/25i0h4

3.

4. pada dasarnya PCR digunakan untuk menggandakan 1 set kode genetik, menjadi milyaran set kode genetik, sehingga kadar/jumlah kode genetiknya bisa dideteksi.

Mesin PCR adalah mesin termosiklik yang mengatur kenaikan dan penurunan suhu secara bertahap. DNA yang sudah diisolasi akan dicampur dengan reagen/cairan yang mengandung enzim-enzim dan primer DNA. Yang dimaksud dengan primer adalah kode genetik/potongan DNA yang ingin kita lihat dari kumpulan DNA yang sudah diisolasi tadi. Primer ini dibuat oleh pabrik, dan bisa kita pesan sesuai kebutuhan kita. Prinsip dasar PCR adalah Replikasi DNA , dimana pada tahap awal, kedua “kalung mutiara”-DNA akan dipisahkan oleh proses pemanasan (sampai 95ºC). Hal ini bisa terjadi karena DNA merupakan molekul protein yang akan mengalami proses denaturasi apabila dipanaskan. Setelah kedua rantai terlepas, maka suhu akan diturunkan sampai 60°C untuk memulai proses penempelan primer di bagian rantai DNA yang cocok (primer ini akan mencari kode genetik yang sesuai, jadi gak akan nempel di tempat lain). Setelah primer menempel di kedua rantai DNA, salah satu enzim yang tadi juga ditambahkan kedalam larutan DNA yang bernama Tag Polymerase juga ikut menempel disitu, enzim ini lah yang akan meronce untaian kalung mutiara yang baru sebagai pasangan dari masing-masing kalung mutiara tadi. Jadi, pada akhir siklus pertama ini, akan dihasilkan 2 buah kalung mutiara yang baru. Siklus ini akan terus diulangi sampai 60 kali.

5. Kloning adalah suatu upaya untuk memproduksi sejumlah individu yang secara genetic sama persis (identik).

Kloning DNA Rekombinan adalah memasukkan DNA asing ke dalam plasmid suatu sel bakteri. DNA yang dimasukkan ini akan bereplikasi (memperbanyak diri) dan diturunkan pada sel anak pada waktu sel tersebut membelah. Gen asing ini tetap melakukan fungsi seperti sel asalnya, walaupun berada dalam sel bakteri. Pembentukan DNA rekombinan ini disebut juga rekayasa genetika. Perekayasaan genetika terhadap satu sel dapat dilakukan dengan hanya menghilangkan, menyisipkan atau menularkan satu atau beberapa pasang basa nukleotida penyusun molekul DNA tersebut. Untuk kloning ini diperlukan plasmid dan enzim untuk memotong DNA, serta enzim untuk menyambungkan gen yang disisipkan itu ke plasmid.

Kloning Kesehatan (Terapeutic Cloning) bagian dari terapi sel punca yang bertujuan untuk menghindari adanya reaksi penolakan terhadap sistem imun pasien pada saat dilakukan terapi. Kloning terapeutik dilakukan dengan sel induk, dimaksudkan untuk tujuan terapeutik (penyembuhan) dan riset medis, bukan untuk menciptakan manusia baru. Hal ini dilakukan dengan menggunakan teknologi SCNT (Somatic Cell Nuclear Transfer). Sel punca memiliki potensi yang sangat menjanjikan untuk terapi berbagai penyakit sehingga menimbulkan harapan baru untuk mengobatinya.

Kloning Reproduksi (Reproductive Cloning) mengandung arti suatu teknologi yang digunakan untuk menghasilkan individu baru atau teknologi yang digunakan untuk menghasilkan hewan yang sama dengan menggunakan teknik SCNT. Genetika individu klon tidak seluruhnya memiliki kesamaan dengan sang induk, persamaan genetika individu klon dengan induknya hanya terletak pada inti DNA donor yang berada di kromosom. Individu klon juga memiliki material genetik lainnya yang berasal dari DNA mitokondria di sitoplasma. Teknologi kloning reproduktif dapat digunakan untuk mencegah terjadinya kepunahan hewan-hewan langka ataupun hewan-hewan sulit dikembangbiakkan. Namun, laju keberhasilan teknologi ini sangatlah rendah seperti pada contoh yaitu Domba Dolly merupakan contoh kloning reproduktif yang satu-satunya klon yang berhasil lahir setelah dilakukan 276 kali percobaan.

6. pada dasarnya metode transformasi secara elektroforasi adalah memberikan "kejutan" pada sel bakteri menggunakan medan listrik berkekuatan tinggi (10-20kV/cm), sehingga akan terbentuk lubang-lubang pada dinding sel bakteri tersebut yang nantinya bisa diterobos oleh DNA plasmid berukuran besar dan nantinya lubang-lubang tersebut akan tertutup dengan sendirinya.

7. Prinsipnya adalah pertama setelah kita kultur bakteri (biasanya menggunakan E.coli) selama semalam, kita sentrifuge yang gunanya adalah kita hanya mengambil kulturnya dan menghilangkan medium-nya. Setelahnya kita treatment dengan pemberian solution I, II, dan III. Solution ini semuanya adalah lysis buffer. Pada solution I kita bisa melihat komposisinya adalah glucose yang konsentrasinya tinggi. Seperti pada prinsip difusi-osmosis, jika ada larutan yang konsentrasi tinggi masuk dalam sel, dengan sendirinya membran sel akan rusak. Kemudian pemberian solution II yang harus fresh (NaOH dan SDS). Solution II ini kita menggunakan NaOH sebagai alkali, yang berfungsi merusak membran sel. Dan dalam step ini perlu kita ingat bahwa kita tidak boleh mem-vortex pada saat mix. Kalau kita vortex, semua akan hancur termasuk DNA-nya (NaOH adalah alkali kuat). solutiom NaOH dan SDS tidak untuk di-autoclaved maupun on ice, karena ada SDS-nya. SDS di sini adalah sabun yang juga untuk menghancurkan membran sel. Jadi bisa dilihat bahwa apalabila kita membuka tutup tube (pada saat akan memasukkan solution III), ada lendir-lendir di mulut tube. Itu menandakan bahwa membran sel telah lysis. Sedangkan solution III berguna untuk neutralization, yang di situ dapat kita liat membran-membran yang telah lysis menggumpal dan menyatu. Nah, maka dari itu kita perlu sentrifuge untuk mengendapkan membran-membran yang lysis, sehingga yang kita ambil hanya supernatan (larutan bening ~ berisi DNA).

Setelahnya kita mendapatkan larutan bening itu, treatment dengan PCI (phenol : chloroform : isoamylalcohol), yang berfungsi untuk menghilangkan komponen-komponen lain dalam sel, misalnya protein. Karena target kita adalah mendapatkan DNA murni. Dan kita pun treatment dengan ethanol 100% dan NaAc (buffer). karena DNA ini tidak larut dalam ethanol, maka dengan pemberian ethanol kita akan melihat DNA di situ. NaAc sebagai garam/buffer berfungsi untuk membantu pengendapan. Sehingga proses ini kita dapat namakan ethanol presipitasi, yaitu penggendapan DNA dengan pemberian ethanol. Selain itu untuk membantu pengendapan, kita inkubasi di -20 derajat sekitar 1 jam, kemudian setelahnya sentrifuge dan washing dengan ethanol 70%, dry up dan pemberian TE. Pada dry up ini DNA harus benar-benar bersih dari ethanol, karena jika tidak bersih dari ethanol maka DNA tidak akan mau larut.

Setelahnya kita lakukan purifikasi. Purifikasi di sini bertujuan agar kita mendapatkan DNA yang benar-benar murni, tidak terkontaminasi dengan RNA. Bisa kita lihat pada step ini kita treatment dengan pemberian RNAse, supaya RNA yang terkontaminasi bisa hilang.

li·ga·si n pengikatan suatu organ berongga dng suatu ligatur untuk mengikat pembuluh darah agar dapat menghentikan perdarahan

8. - enzim ligase