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le lendemain ! non
* La protéine diffuse-t-elle ? Sort-elle de la boite ? Comment bougent les ions
Oui, OUI mais nous obtenons une répresentation graphique érronées car gromacs relie chaque point l'un à l'autre lorsque la protéine sort,les ions bougent très rapidement autour de la protéine afin de neutraliser ses charges
*Les structures secondaires vous semblent-elles
stables ? Affichez également l’Asp39 et observez son mouvement.
Remarque : pour cette trajectoire, la protéine a été, à chaque fois, recentrée dans la boite.
Les structures secondaires semblent stables, elles vibrent normalement sans se dénaturer.
* Comment évoluent les différentes énergies ?
leur moyennes sont constantes mais nous pouvons observer des fluctuations.
*En utilisant une des propriétés de l’énergie cinétique, vous devez être capables d’identifier chacune
des 3 courbes (sans avoir besoin de la légende).
Energy Average Err.Est. RMSD Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Potential -251759 11 348.059 -63.0213 (kJ/mol)
Kinetic En. 46627.2 0.004 240.538 -0.005639 (kJ/mol)
Total Energy -205132 11 250.785 -63.0866 (kJ/mol)
l'energie cinetique est forcement positive donc...
* Commentez l’évolution de la température. Est-ce en accord avec l’ensemble thermodynamique utilisé ? Dans le menu Edit, puis Data sets, sélectionnez le jeu de données G0.S0[2][20001] et notez les valeurs min, max, la moyenne (Mean) et l’écart-type (Stdev) de la température.
Min 294.248
Max 306.415
Mean 299.971
Stdev 1.5571
*Commentez l’évolution de la pression au cours de la simulation.
reste moyennement constante malgré des fluctuations comme précedemment
*Quelle est la valeur moyenne ? L’écart-type ? Est-ce en accord avec l’ensemble thermodynamique
utilisé ? Les fluctuations vous paraissent-elles réalistes ?
Mean(gromacs) 0.985298
Mean(xmgrace) 0.66827
Stdev 149.211
*Commentez l’évolution du RMSD en fonction du temps de simulation ? La simulation semble-t-elle avoir
convergée ? Vers quelle valeur de RMSD ?
*Commentez l’évolution du rayon de giration en fonction du temps de simulation ? Vers quelle valeur le
rayon de giration converge-t-il ? Est-il stable ?
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